そう言えば、本家のFateでもセイバー関連で分身か変容っぽい要素があったような。本編で見たわけじゃないからそっちが具体的にどういう存在なのかは知らないけど、関係者が好きなのかなこういうの。
こっちの場合は、どうやら黒イリヤはイリヤのスペックの大部分を分離させた形で存在している以上、このままの状態で放っておくことは無いな。敵のままだろうがあっさり仲間になろうがイリヤの立つ瀬が無いから。
解決方法としては単純に消して元の状態に戻すか、力だけ回収するか、自在に出し入れ出来るようにするか、2人とも元のスペックが出るようにするあたりか。ノリ的には後の方が有力そうだな。新たなくんずほぐれつ要員を安々と完全消滅させるとは思えんし…。